Estudió en el Instituto de Cultura Femenina y en la Escuela Normal Superior de la Ciudad de México. Obtuvo el título de maestra en Lengua y Literaturas Españolas. Posteriormente, ingresó en la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional Autónoma de México donde obtuvo el doctorado en Filosofía, además de estudiar las licenciaturas de Psicología y Pedagogía. Viajó a París para realizar cursos adicionales de Filosofía en La Sorbona y de Historia en la École du Louvre.

Se dedicó a la docencia a partir de 1947, dando cátedra en la Escuela Nacional de Maestros, en la Escuela Normal Superior, en el Claustro de Sor Juana y en otras instituciones. Fue asesora de la Sociedad Mexicana de Filosofía, de la Facultad de Filosofía de la Universidad Autónoma de Guadalajara, presidente honorario del Ateneo Filosófico de la Universidad Panamericana y miembro de la Academia Internacional de Filosofía del Arte de Suiza. Ema fue conocida como una gran poetisa católica, que siempre estuvo tratando de escribir sobre el libre albedrío.

Colaboró para las revistas Ábside, El Libro y el Pueblo, Cuadernos de Bellas Artes y algunas otras. Emma Godoy escribió biografías, cuentos, novelas, poesía, crítica de arte y ensayos filosóficos. Resalta en su obra la religiosidad, el erotismo, la soledad y la angustia

En 1973 fundó y presidió la Asociación Dignificación de la Vejez (DIVE). Realizó una labor a favor de la senectud, inculcando una conciencia al respecto a la sociedad a través de la radio en la XEW.[1] En respuesta, el gobierno mexicano adoptó una política de orden social y creó en 1979 el Instituto Nacional de la Senectud (INSEN), el cual cambió su nombre más tarde a Instituto Nacional de las Personas Adultas Mayores

Entre los premios que recibió se encuentran: Ibero-American Novel Award en 1962, otorgado por The William Faulkner Foundation de la Universidad de Virginia en reconocimiento a su novela Érase un hombre pentafácico; Premio Internacional Sophia en 1979, otorgado por el Ateneo Mexicano de Filosofía; Premio Ocho Columnas por la Universidad Autónoma de Guadalajara.

En noviembre de 2006 sus restos mortales fueron trasladados a la Rotonda de las Personas Ilustres. Ema Godoy fue toda su vida lesbiana de clóset y tía de una de las activistas más importantes del movimiento lésbico feminista en México: Yan Maria Castro Yolotl. Tal vez un pequeño asomo de él fue su frase más que famosa «Si no puedes comprender, al menos aprende a respetar».